求助用Gromacs模拟有机电解液，分子和离子不移动的问题

YoungJoe · 发表于 Post on 2024-9-23 21:40:19

想向大家求助一个问题。在模拟NaPF6为盐的有机电解质的时候，发现当NaPF6浓度略高（仅0.75 m）时，模拟体系中的各种粒子的移动性严重下降，表现为各粒子在初始位置附近振动。但在0.5 m时却没有这一现象。使用GAFF力场，在npt系综下模拟，没有电荷矫正。试过退火，从300 K升温到600 K再降下来，只有在600 K左右采用比较好的移动性。到400 K左右就已经不太动了。请问该如何解决呢？

另外，若做了电荷矫正，将离子的电荷乘以0.7，溶剂不变，原子会正常移动，但离子会发生团聚

下面是npt输入文件

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-23 22:37:25

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

尝试其它Na离子力场，比如KBFF的。AMBER自带的在高浓度下容易结晶，论坛里已经讨论过无数次了

YoungJoe · 发表于 Post on 2024-9-24 15:14:45

sobereva 发表于 2024-9-23 22:37
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的好的，谢谢sobereva老师，下次发帖我会注意的

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[GROMACS] 求助用Gromacs模拟有机电解液，分子和离子不移动的问题

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