求助：怎么把amber的mdcrd轨迹文件转为gromacs的xtc?

灵芝5

老师，您好：

       我用amber跑了一段轨迹，文件格式是mdcrd。想转成gromacs的xtc格式，再对轨迹进行处理。我按照下面的步骤转化：

（1）先用cpptraj的指令把mdcrd转成xtc。
（2）再用acpype.py脚本，把prmtop和inpcrd转成top和gro。
（3）再用gromacs的editconf把gro转成pdb。之后开始处理轨迹。

      但是在center轨迹的时候，需要用到trjconv的-pbc选项，这个选项只能用初始结构的tpr作为参考结构。但是我没有。
请问老师怎么获得初始结构的tpr文件？或者有其它方法可以顺利转化并处理xtc轨迹吗？


谢谢老师！

mol

您通过（2）获取到top和gro之后就可以用grompp命令生成tpr文件了

灵芝5

老师，您好：
谢谢您的解答！

我试了用（2）获取到top和gro和grompp命令生成tpr文件，但是程序报错如下：

应该是体系中有POPC的原因。请问这个怎么解决？我把top和gro文件上传到附件了。

谢谢您。

FanZhou

灵芝5 发表于 2023-12-27 21:29
老师，您好：
谢谢您的解答！

我在别处看到
sed 's/ 2C / CT /g' system_solv_GMX.top | sed 's/ 3C / CT /g' | sed 's/ IP / Na+/' | sed 's/ IM / Cl-/' > system_solv_GMX_corr.top

链接：https://jamesmccarty.github.io/r ... er2gro#reorder-ions
希望有帮助