求助material studio如何给导出的结构文件添加原子编号

风沙 · 发表于 Post on 2025-4-15 22:07:05

本帖最后由风沙于 2025-4-16 09:09 编辑

求助各位老师，我用的是material studio 2020。
1.我从pubchem数据库下载了紫杉醇二维结构的sdf文件，通过material studio将紫杉醇的二维结构转化成三维结构，并导出pdb和mol2文件，原子名称后面是有编号的（见附件PTX.pdb）；
但是自己手动用material studio构建了一条无规共聚物链，导出pdb和mol2文件后，原子名称后面没有编号(见附件PLGA_31_400jhd.pdb)，是什么原因啊？怎么才能在导出结构文件后在原子名称后面加上编号哇？

2. 或者有什么别的方式可以实现在结构文件的原子名称后面加编号？

3.如果结构文件里的原子名称后面没有原子编号，生成的拓扑文件也没有，会影响后面gromacs做模拟吗，或者说原子名称后面的原子编号对模拟来说是必须的吗，还是也可以没有

mol · 发表于 Post on 2025-4-16 08:59:39

3是不影响的

日月崇光 · 发表于 Post on 2025-4-16 13:56:37

2.当你用高斯做完结构优化生成的out文件再转换成pdb或mol2就会有编号了

风沙 · 发表于 Post on 2025-4-16 14:12:40

mol 发表于 2025-4-16 08:59
3是不影响的

好的，谢谢

风沙 · 发表于 Post on 2025-4-16 14:14:44

日月崇光发表于 2025-4-16 13:56
2.当你用高斯做完结构优化生成的out文件再转换成pdb或mol2就会有编号了

我需要建一条聚合度是1532的高聚物链，原子数太多了，所以没用高斯优化，就直接用ms建的模，然后导出结构文件的

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