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[GROMACS] 求助gromacs退火过程密度的问题

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本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 20:51 编辑

各位前辈好,我最近刚学习gromacs有些地方不懂还请指教。就是我在进行gromacs退火的过程中发现,体系的密度随着温度的升高在逐渐下降(大致从1500g/cm3降到40g/cm3),但是温度降低的过程中体系的密度没有升上来,不知道这是否是正常的,如果不正常的话是什么原因导致的又该如何解决呢?查阅以往的帖子,NPT和退火过程中使用的控压器均为Berendsen;控温均器V-rescale。
下面是我NPT和退火过程中的数据监测已经使用的参数文件:




NPT数据.png (20.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

NPT数据.png

退火数据变动.png (15.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

退火数据变动.png

退火轨迹.png (680.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

退火轨迹.png

NPT.mdp

1.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

EM.mdp

441 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6

ANN.mdp

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退火

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发表于 Post on 2024-3-21 18:35:06 | 只看该作者 Only view this author
这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了,靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作用很难在有限的模拟时间内恢复原状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 20:40:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 21:04 编辑
sobereva 发表于 2024-3-21 18:35
这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了,靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作 ...

谢谢老师的回复,刚才看了退火的轨迹并选择了初始,中间和结束的几帧放下在了帖子里,发现形成了两个距离非常远的大团直到最后,那么这种情况应该如何解决呢 ?能否直接在恒容的条件下进行退火?

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发表于 Post on 2024-3-21 21:06:16 | 只看该作者 Only view this author
可以恒容
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 21:37:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 21:41 编辑

谢谢老师,我之前看您在一个帖子说退火是一个变温的非平衡过程,因此不能用PR控压。但是我做了测试发现berendsen控压不能把体系压回原来的密度,但是PR控压是可以的。这种情况下是选择用PR进行退火还是使用恒容退火呢?

PR退火.png (19.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

PR退火.png

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发表于 Post on 2024-3-21 22:00:12 | 只看该作者 Only view this author
gjs 发表于 2024-3-21 21:37
谢谢老师,我之前看您在一个帖子说退火是一个变温的非平衡过程,因此不能用PR控压。但是我做了测试发现be ...

可以尝试用c-rescale,原理上更好,兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 22:06:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale,原理上更好,兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

好的,非常感谢老师的指导,期待下个月gromacs培训班能再与老师交流。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 22:07:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale,原理上更好,兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

非常感谢老师的回复,期待下个月gromacs培训班,再向老师请教。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-27 19:48:49 | 只看该作者 Only view this author

老师您好,我计算的体系是一个局域高浓电解液,使用恒容进行退火结束后发现Li和FSI离子聚集在一起好像不带稀释剂玩,这是正常的情况吗?

退火后分子分布.png (12.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

退火后分子分布.png

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