npt平衡预处理时报错：Group and protein referenced in the .mdp file was not fo...

sljm

运行命令：
gmx grompp -f npt.mdp -cnvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top –n index.ndx -o npt.tpr –maxwarn 1      时报错



Group and protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.


.mdp中的protein在index文件里找不到，但是我的文件里的名字都是一样的，就是我这里面确实是没有蛋白质的，新手跟着别人的视频命令照着做的，请问这种是哪里出了问题？

sljm

我把npt.mdp文件里的几个参数修改了一下运行成功了

sobereva

体系没有蛋白质当然不能用Protein、Non-Protein这样对含蛋白质的体系才默认就有的组名

LimEngZ

补充一下，我也遇见一样问题，我在排查mdp里名称正确后仍报错，添加 -n index.ndx 指定索引文件最终解决

芝士奶盖四季春

LimEngZ 发表于 2024-4-22 08:18
补充一下，我也遇见一样问题，我在排查mdp里名称正确后仍报错，添加 -n index.ndx 指定索引文件最终解决

...

您好，我是新手也是遇到了这个问题，可以详细说一下你的解决方法吗？