求助非首尾相接环肽的分子动力学模拟

Brightlin

我对一段肽链进行突变与氨基酸侧链限制，想让它成为非首尾相接的环肽，于是用gromacs进行分子动力学模拟，想看看是否能稳定存在。前期我用alphafold2预测的pdb文件开始，运行过程中对top文件进行了一些改造，但是一直在碰壁，有没有类似经验的大佬呢？gromacs上可以完成分析吗？有本来想报名科音的分子动力学模拟课程，但是时间等不及，自己先探索了一下，烦请各位大佬指点！

sobereva

问得太含糊，这种方式提问没人能帮你，看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

只能告诉你用gromacs可以很好地模拟

等不到下一届现场参加也可以随时购买往届资料自学，培训介绍页面明确说了
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）

Brightlin

好的，谢谢sob老师，我想尽量去现场听，这段时间先摸索着向各位大佬请教看看。
1.对肽链进行的alphafold结构预测并没有办法进行侧链成键（肽键、二硫键）限定，我想限定成键以获得环肽模拟的话，是不是只能将alphafold预测到的pdb文件在gromacs中转换结构并构建拓扑数据后，在.top文件中进行限定呢？有其他更好的方法吗？
2.目前我大致过了一遍模拟，将.pdb文件转成.gro文件、.top文件之后，对.top文件的成键（bond等）进行了一些修改后，进行了周期性边界条件设定、添加溶剂、添加离子、能量最小化、nvt/npt预平衡、成品模拟，对获得到的.xtc进行gmx check -f *.xtc之后，输出的结果为：
Checking file traj.xtc
Reading frame       0 time    0.000   
# Atoms  8072
Precision 0.001 (nm)
Last frame          0 time    0.000   


Item        #frames Timestep (ps)
Step             1
Time             1
Lambda           0
Coords           1
Velocities       0
Forces           0
Box              1
感觉像是做一遍无用功。
小白提问，烦请sob老师指教