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[GROMACS] 蛋白模拟时遇到atom O used in an interaction of type angle is not found 怎么解决

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本帖最后由 SheYilin 于 2022-10-16 23:21 编辑

  gromacs将pdb文件转换为top和gro文件的时候,选择的是Gromos54a7力场(力场aminoacids.rtp中HYP angles数据附后),出现Warning: Residue 29 named HYP of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom O used in an interaction of type angle in that entry is not found in the input file. 我查看了pdb文件中的29号残基,没有发现问题(pdb文件里29号残基数据附后)。请问大家怎么解决呢?谢谢大家






aminoacids.rtp (301.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

1qsu.pdb (64.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)









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发表于 Post on 2022-10-16 23:06:24 | 只看该作者 Only view this author
把当aminoacids.rtp和pdb文件上传,别人才好判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 23:19:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-16 23:06
把当aminoacids.rtp和pdb文件上传,别人才好判断

好的谢谢提醒

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发表于 Post on 2022-10-16 23:30:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-16 23:35 编辑

我下载你的文件运行没有问题,请检查你使用的力场和pdb文件对不对

pic.PNG (9.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

pic.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 23:36:36 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:30
我下载你的文件运行没有问题,请检查你使用的力场和pdb文件对不对

我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件,但是会有warning,请问老师运行的时候没有出现warning么,谢谢啦

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发表于 Post on 2022-10-16 23:55:26 | 只看该作者 Only view this author
SheYilin 发表于 2022-10-16 23:36
我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件,但是会有warning,请问老师运行的时候没有出现warning么, ...

这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-17 07:55:56 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:55
这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

好的谢谢,我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found,就不知道怎么解决了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3D&noupdate=yes

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发表于 Post on 2022-10-17 10:54:02 | 只看该作者 Only view this author
SheYilin 发表于 2022-10-17 07:55
好的谢谢,我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found,就不知道怎么 ...

抱歉,贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;highlight=gromos

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-17 11:14:21 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-17 10:54
抱歉,贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25775&highlight=gromos

明白啦,非常感谢

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