如何从较大的MD模拟好的体系中获取其中的一小部分

爱兴兴的小妖怪 · 发表于 Post on 2021-7-8 10:48:34

求助：请问对于一个已经用经典MD模拟好的体系，如何从这个较大的结构中获取其中的一小部分（这一部分的粒子数，水分子数，盒子大小已经计算好了）？用作后续的ab initio 的初始结构

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-8 11:07:21

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sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 11:23:12

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“获取结构中的一部分”改了，以后务必注意

VMD保存结构的时候用恰当的选择语句设置保存的范围

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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[VMD] 如何从较大的MD模拟好的体系中获取其中的一小部分

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