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[GROMACS] 求助:为什么做分子动力学模拟一般先跑NVT再跑NPT比较好呢?

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楼主
我用gromacs模拟了一个均相电解液体系,做完能量最小化之后先跑NVT再跑NPT,可是审稿人问为什么要先跑NVT再跑NPT,而不是反过来,我应该怎么去回答呢?谢谢各位老师!

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发表于 Post on 2025-3-23 18:58:31 | 只看该作者 Only view this author
不是“一般”哦,分两步其实并非必要,也要看目的。

Production MD是用NPT ensemble的话前一步的equilibration自然是要NPT的。

而且特定情况是用NVT作production 的话用NPT relax density以后会换回NVT equilibration再NVT production。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-3-24 10:15:52 | 只看该作者 Only view this author
没有特殊目的一律不要做NVT
你这种体系先做NVT本来就是完全多余的,而如果从NPT最后切换到NVT也是多余的,总之都是多余。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-24 14:53:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-24 10:15
没有特殊目的一律不要做NVT
你这种体系先做NVT本来就是完全多余的,而如果从NPT最后切换到NVT也是多余的, ...

谢谢sob老师,请问是不是只用NPT已经能实现较好的控温控压了,只有在那种有需要固定界面的体系没办法用NPT才需要用NVT呀?

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发表于 Post on 2025-3-25 00:03:50 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-3-24 14:53
谢谢sob老师,请问是不是只用NPT已经能实现较好的控温控压了,只有在那种有需要固定界面的体系没办法用NP ...

必须用或者适合用NVT的情况不少,你说的是其中之一
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-4-12 19:02:14 | 只看该作者 Only view this author
先跑NPT看看,如果正常跑就只跑NPT就行。不过有时候体系太大了,初始结构又不合理,直接跑NPT会直接炸,这时候可以用NVT高温弛豫一会儿再跑。

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发表于 Post on 2025-4-12 20:26:03 | 只看该作者 Only view this author
对于均相体系,先跑NPT调好密度再跑NVT一般是为了减少计算量(NVT更快),但是对于这种体系现在的算力都溢出了,所以没什么必要。你可以说先跑NVT是为了预平衡,NPT是为了准。

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