胺分子负载在石墨烯表面的吸附剂，用AIMD可以描述化学反应吗？

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 11:06:53

本帖最后由 qwe1832518773 于 2020-10-20 13:47 编辑

做了一个胺分子负载在石墨烯表面的吸附剂，然后在上方放了一些CO2分子，用cp2k做AIMD，跑了快1.8ps了，丝毫看不见CO2与胺有什么想要反应的预兆，甚至CO2分子都不往胺分子之间的空隙中扩散，这是为什么呢？体系总共242个原子，基组用的BASIS_MOLOPT，势函数用的GTH_POTENTIALS，温度600K，步长2fs。

0.2ps

1.7ps

biogon · 发表于 Post on 2020-10-20 11:54:10

本帖最后由 biogon 于 2020-10-20 14:55 编辑

能的，但是这个摆法显然不容易观察到有反应发生

wolfli369 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:20:31

AIMD能做化学反应。可以尝试调节温度范围。或者增加反应时间

朙天儿 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:25:43

一种，CO2初始就放在胺分子周围；再一种，上面侧加一段时间压力差，使CO2有向下走的趋势，但是不知是否符合反应条件，是不是能轻松实现。

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:38:20

随心恣意发表于 2020-10-20 11:22
请问楼主解决这个问题了吗？

准备试试楼下两位的回复

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:40:20

wolfli369 发表于 2020-10-20 12:20
AIMD能做化学反应。可以尝试调节温度范围。或者增加反应时间

感谢回复，我用600K是想让CO2分子扩散快一些，因为想看到CO2扩散进入胺分子之间空隙。但是目前看不出这个趋势，是因为我的胺分子间隔太小了的缘故吗？

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:41:18

朙天儿发表于 2020-10-20 12:25
一种，CO2初始就放在胺分子周围；再一种，上面侧加一段时间压力差，使CO2有向下走的趋势，但是不知是否符合 ...

感谢回复！打算先降一下温度试试看

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-20 13:19:22

biogon 发表于 2020-10-20 11:54
能的，但是这个摆法显然不容易观察到有反应发生

贴图方式不对，其他人看不到。请重新编辑帖子并阅读置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-20 13:25:49

VMD的图形窗口里按住鼠标左键拖动，松手的时候如果仍然有速度，体系就会一直旋转

AIMD最大价值之一就是能描述化学反应的动态过程，当然能描述化学反应

能否反应和原子间相对运动速度、相对朝向关系极大，不是很容易发生的反应（诸如自由基复合等）显然不是随便一摆就能自发跑出来的。多看看相关文章研究了解基本知识、模拟条件的设置。

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-20 13:27:00

常用的时间尺度下，brute-force MD只能跨越kbT level的能垒，所以靠裸跑MD看见化学反应本身就很难。

考虑用bias sampling方法吧。

朙天儿 · 发表于 Post on 2020-10-20 13:36:03

qwe1832518773 发表于 2020-10-20 12:41
感谢回复！打算先降一下温度试试看

只降温恐怕没效果。

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 13:37:42

sobereva 发表于 2020-10-20 13:25
VMD的图形窗口里按住鼠标左键拖动，松手的时候如果仍然有速度，体系就会一直旋转

AIMD最大价值之一就是 ...

感谢sob老师回复，基础知识确实有所欠缺，多请教一个问题，那降低温度（比如降到300K）是否会有利于观察到化学反应呢？
之前想的是：我既然不知道怎么摆放更好的话，我就索性给一个高温（600K），这样分子运动会更快，会更容易看到化学反应。
以上两种想法是孰优孰劣呢，存在什么问题呢

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 13:38:19

k64_cc 发表于 2020-10-20 13:27
常用的时间尺度下，brute-force MD只能跨越kbT level的能垒，所以靠裸跑MD看见化学反应本身就很难。

考 ...

感谢回复，cp2k小白先记下了，暂时还不太了解您说的这俩要怎么实现

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2020-10-20 13:44:52

朙天儿发表于 2020-10-20 13:36
只降温恐怕没效果。

啊这样，但是光给CO2施加一个向下的力或者初速度要怎么实现呢

朙天儿 · 发表于 Post on 2020-10-20 14:04:19

qwe1832518773 发表于 2020-10-20 13:44
啊这样，但是光给CO2施加一个向下的力或者初速度要怎么实现呢

大概知道反应温度压力吧，设置就尽量按照实际情况，而且初始摆放尽量靠近反应位点，不知道的位置话可以提出胺分子预测一下反应位点。不过这结构不太复杂，你的初始CO2向下平移，O贴近N多一些。
预测反应位点也可以成为工作的一部分。

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