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[CP2K] 求助用AIMD计算Pai-Pai相互作用

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我用cp2k的AIMD计算一个苯环和碳环的pai-pai相互作用,可是无论用NPT还是NVT,固定原子或者不固定原子,两个分子的距离都是越来越远,有什么办法可以可以是体系里两个分子的距离降低,然后我可以分析两者的pai-pai相互作用力呢?

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发表于 Post on 2020-5-21 22:15:47 | 只看该作者 Only view this author
是pi不是pai
没有细节没法说。小环的情况下pi-pi堆积作用本来就弱,温度稍高自然就会飞走
而且用的理论方法也必须能描述pi-pi作用
另外pi-pi作用是很短程作用,不要指望一开始摆得很远也能靠色散力轻易吸过去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 23:59:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-21 22:15
是pi不是pai
没有细节没法说。小环的情况下pi-pi堆积作用本来就弱,温度稍高自然就会飞走
而且用的理论方 ...

感谢sob老师的纠正。
我本想计算一个多巴胺分子与碳纳米管的pi-pi作用,考虑到计算成本的问题,我从碳纳米管上截取了5个六圆环下做成平面状结构,不过我摆的距离的确有些远。我第一次测试的是用300K的NVT,后来我测试了1bar的NPT,结果都是跑开了。是不是应该摆近点?温度不要设置太高呢?

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发表于 Post on 2020-5-22 12:03:37 | 只看该作者 Only view this author
加D3校正了没?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-22 12:32:37 | 只看该作者 Only view this author

加了D3校正了

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发表于 Post on 2020-5-23 02:29:29 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-5-21 23:59
感谢sob老师的纠正。
我本想计算一个多巴胺分子与碳纳米管的pi-pi作用,考虑到计算成本的问题,我从碳纳 ...

先用比如100 K,初始距离摆近点再试。

另外,五个六元环偏小,边界效应会很显著。

不妨先拿xtb跑动力学(或者CP2K里GFN-xTB也可以),使用方便,速度贼快,对于这种体系的动力学也定性靠谱。等跑出感觉了,再换CP2K或其它程序跑DFT的东西学。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-24 00:57:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-23 02:29
先用比如100 K,初始距离摆近点再试。

另外,五个六元环偏小,边界效应会很显著。

嗯嗯  感谢SOB老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-24 19:20:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-23 02:29
先用比如100 K,初始距离摆近点再试。

另外,五个六元环偏小,边界效应会很显著。

Sob老师,除了通过完成AIMD之后,选取反应路径上得坐标,得出PDOS图来看pipi相互作用?能否通过计算反应前后的单点能然后算出结合能推出pipi相互作用呢?

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发表于 Post on 2020-5-25 02:39:49 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-5-24 19:20
Sob老师,除了通过完成AIMD之后,选取反应路径上得坐标,得出PDOS图来看pipi相互作用?能否通过计算反应 ...

pi-pi属于弱相互作用,不会显著影响分子的电子结构,因此从PDOS图上看不出来什么。
如果你想图形化考察pi-pi作用,把结构取出来用Multiwfn做个IGM分析就可以:
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
结合能并不总能和pi-pi作用能对应,这得看具体结构,可能有的结构下主要作用是pi-氢键,或者pi-氢键与pi-pi各占一定成份。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-26 22:08:25 | 只看该作者 Only view this author

刘博士,我用cp2k计算碳纳米管得LUMO和HOMO,可是它只是显示局部的,我把图片上传上来了。我把NLUMO和NHOMO都调成-1,会出现很多文件,每个文件的LUMO和HOMO都不一样,如果我想计算出全部的LUMO和HOMO该怎么修改参数呢?

e7eecb2aebe19da9f969740f10adb8f.png (80.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

CP2k计算出碳纳米管的LUMO和HOMO

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-30 00:40:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-25 02:39
pi-pi属于弱相互作用,不会显著影响分子的电子结构,因此从PDOS图上看不出来什么。
如果你想图形化考察p ...

sob老师,我用GxTBFN-xTB跑完之后,dispersion energy 的变化是这样,那么辅之以IGM散点图出现的极值点,这能说明是pi-pi相互作用嘛??
另外,这个dispersion energy的图是正常的嘛?我看别人论文里,相互作用之后整体能量是更低的。

a52ee4a7c06cf75bcb9f739bf9335b0.png (28.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

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发表于 Post on 2020-5-30 14:33:56 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-5-30 00:40
sob老师,我用GxTBFN-xTB跑完之后,dispersion energy 的变化是这样,那么辅之以IGM散点图出现的极值点, ...

GxTBFN-xTB明显拼错了

拿这种曲线图讨论也太抽象了,得结合实际轨迹的结构图讨论
要用IGM等值面图说事,明显比散点图直观得多。某一时刻是否有显著pi-pi作用一看IGM等值面图立刻就清楚了
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sobereva 发表于 2020-5-30 14:33
GxTBFN-xTB明显拼错了

拿这种曲线图讨论也太抽象了,得结合实际轨迹的结构图讨论

好的,谢谢sob老师

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