关于蛋白质水溶液模拟体系遇到的问题

gromacs11

各位老师好，我在对300氨基酸大小的蛋白质体系进行模拟，力场用的amber14sb_parmbsc1.ff，分析在310K和333K温度下的体系变化。在模拟过程种遇到几个问题，请问是否会对模拟产生影响，并且是否有相关的解决方法。谢谢！
问题一：出现该图中的情况是什么原因，是否需要理会？
问题二：WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed         based on residue and atom names, since they could not be         definitively assigned from the information in your input         files. These guessed numbers might deviate from the mass         and radius of the atom type. Please check the output         files if necessary. Note, that this functionality may         be removed in a future GROMACS version. Please, consider         using another file format for your input。这个警告会产生什么影响吗?可以忽略还是需要如何解决呢？
问题三：在添加离子步骤后，相应的md.gro能观察到离子，但是提取的轨迹，离子消失了，在输出都是system，并且消除了PBC、平动和转动。
问题四：我想问，一次模拟到200ns对于本体系大小是否合适，需要更长还是短一些。与一次模拟到100ns后续再续跑两个50ns相比，所得的结果是否有影响？
问题五：下面是对同一温度下重复模拟三次（使用不同初速度）， 这是310K下的，第一张和第三张图是一次性跑200ns。为什么第一张会有个突变，第二张是开始跑100ns，后续加了三个50ns。这些是否可以认为达到平衡？能否进行分析RMSF？
问题六：RMSD、RMSF是否需要进行平滑处理？Length of average设置多大合适？还有蛋白质模拟，请问哪个力场比较合适？以上是我目前存在的问题，可能有点多，望各位老师不吝赐教，谢谢！

student0618

首先，问问题时最好给你用的完整指令、gmx 版本、提供的讯息越多越好，方便排查。

1 是正常吧
2 问的时候最好说一下你在做什麽
3 没完整指令、mdp文件、重现“问题” 的完整部骤很难说
4 就算是同一system size，不同类型、不同目的也不能一概而论。同是300 residues， 模拟allostery或者folding或是ligand interaction，需时定然不同。
5 查看轨迹，也建议参考sob老师的帖“谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 27122&fromuid=64740 ”
6 a. 先了解一下RMSD RMSF这些是什么。
6 b. “蛋白质模拟” 有很多种，问的时候要更specific。disorder protein、 folded protein、 peptide aggregation、protein folding等不同目的、不同类别建议用的力场都可能不同。

gromacs11

student0618 发表于 2025-3-15 15:04
首先，问问题时最好给你用的完整指令、gmx 版本、提供的讯息越多越好，方便排查。

1 是正常吧

老师你好，问题2中的警告是在溶剂化操作出现的，忽略警告是否会在体系模拟中存在问题，或者有没有解决办法；
问题3是在按照正常模拟和分析步骤下进行，在提取轨迹时没有观察到添加的离子的存在，之前按照相同流程分析其他蛋白质，提取的轨迹有离子存在；
问题4我想问问一次性跑完与分开续跑是否会影响结果；
问题5我也看过sob老师的贴子，但是对于模拟出的结果，似乎波动较小，但最后模拟帧却又上抬的趋势，因此比较困惑，而且有一张图片中间出现较大波动，都是同一条件下模拟的，为什么会有较大差异.如果体系不平衡时，能否继续分析其他指标，如RMSF等；
问题6时对于结果生成的RMSD和RMSF图，是否有必要为了美化而进行平滑处理。还有对于蛋白质模拟，似乎amber力场用的较多，便想问问目前主流的模拟哪个较为准确？谢谢！

student0618

2 担心的话检查加的水有没有原子重叠、或跑到不该有的地方。

3 要排查的话应当提供完整command、选的index group等，所谓“正常步骤” 不同体系都会不同的。

4 可以的，很多超算资源每个job设时限都会要分段。

5 模拟是有随机性，有怀疑应检查轨迹对应部分发生了什么。重复性问题参考http://bbs.keinsci.com/thread-30143-1-1.html 二楼sob老师的回答。

6 要比较的话查查相关benchmark 横测文献，不同目的会不同的。全原子蛋白力场AmberFF14SB AmberFF19SB Charmm36m等模拟folded protein普遍都适用的。Amber 系列力场简单易用，非标准残基有标准、便捷的流程处理(如sob老师的sobtop)，当然会普及。

gromacs11

student0618 发表于 2025-3-15 21:16
2 担心的话检查加的水有没有原子重叠、或跑到不该有的地方。

3 要排查的话应当提供完整command、选的ind ...

好的，谢谢老师