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[Amber] 求助气相非周期性升温MD的cutoff设置问题

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6水团簇气相非周期性升温MD,输入文件如下,cut=40.0,可以正常计算,cut=8.0计算出错。
报错如下:
Frac coord min, max:   -1.8108961054098474E-004  0.50000000000000000     
The system has extended beyond
     the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
    a new virtual box with 30 Angstroms
    extra on each side, if there is a
    restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error

问题:不同大小的体系,cut有没有设置经验规则?


&cntrl
imin=0, nmropt=1,
ntx=1, irest=0,
ntxo=1, ioutfm=0, ntpr=1000, ntwx=1000,
nstlim=100000, dt=0.002,
ntf=2, ntb=0, cut=40.0, igb=0,
ntt=3, tempi=0.0, temp0=280.0, gamma_ln=2.0,
ntc=2,
ig=-1,
/
&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=50000, value1=0.0, value2=280.0,
/
&wt type='TEMP0', istep1=50001, istep2=100000, value1=280.0, value2=280.0,
/
&wt type='END' /
EOF

谢谢!


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发表于 Post on 2019-4-21 21:37:53 | 只看该作者 Only view this author
cutoff一般不应该低于你box的最小长度(防止一个分子和它的镜像产生相互作用)。
你把ntp=0写上试试,ntp默认好像不是0,你又没有设置压力,等于你让盒子在一个没压力的环境中无限膨胀,这可能是“炸”了的原因。

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发表于 Post on 2019-4-21 21:43:08 | 只看该作者 Only view this author
顺便说一下,如果没有特殊原因(对轨迹文件进行自编程的分析),ioutfrm尽量设置成1,AMBER的脑残(nc)格式轨迹读写速度快并且比常规ASCII格式小。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 11:51:35 | 只看该作者 Only view this author
tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:43
顺便说一下,如果没有特殊原因(对轨迹文件进行自编程的分析),ioutfrm尽量设置成1,AMBER的脑残(nc)格 ...

是,对于大小体系应该是这样。
我目前学习测试用小体系,直接使用ACSII格式方便查看。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 11:58:16 | 只看该作者 Only view this author
tomwong4253 发表于 2019-4-21 21:37
cutoff一般不应该低于你box的最小长度(防止一个分子和它的镜像产生相互作用)。
你把ntp=0写上试试,ntp ...

非周期性也考虑cutoff与box边长的关系?inpcrd文件中没有box信息。
设置ntp=0效果也是一样,该成功还成功,不该成功的还是出错。

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发表于 Post on 2019-5-4 09:43:32 | 只看该作者 Only view this author
不好意思我没注意你是做非周期的。这块我做的不多,可以大致猜一猜。

根据amber手册上的一句:“The defaults for a non-periodic system are ntb=0, cut=9999.0, igb=1. The defaults for a periodic system are ntb=1,
cut=8.0, igb=0.”可推测,如果做非周期,可能要引入GB模型,igb不能是默认的0,要调成1,但我记得此时cut应该会自动忽略,变成9999。

如果你非要在非周期条件下设cut=8,可能确实如你所说,还是需要手动设一个盒子。用tleap里的setbox可以做到。

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