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[综合交流] 磷脂膜构建程序genmem,genmixmem的linux二进制版本

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本帖最后由 ene 于 2019-6-9 16:21 编辑

genmem,genmixmem是sob老师开发的用于产生磷脂双分子层的程序。
原网址在这里:
genmem:http://sobereva.com/222;genmixmem:http://sobereva.com/245
这里上传了静态编译的genmem,genmixmem的64位linux版本,可直接运行。
genmixmem.Linux-x86_64-static.zip (675.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)
genmem.Linux-x86_64-static.zip (660.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)
需要注意的是linux版本与windows的输入文件不可混用,在linux下,genmixmem的input文件中的磷脂文件名需要双引号。示例如下
  1. mixmem.pdb         ;The path of output file
  2. 5       ;The number of lipid types
  3. 64      ;The number of lipids in each layer, should be square of an integer
  4. 64      ;Box length (Angstrom)
  5. 0       ;0=Don't randomly rotate molecule, 1=randomly rotate molecule, -1/-2/-3=rotate 45/90/180 degree in the second layer
  6. 80.5,39.5       ;The Z position of the reference atom in layer 1 and layer 2
  7. #
  8. # Below is pdb file of each lipid type, its number in each layer and the index of reference atom
  9. #
  10. "pdbinput/DGDG343z.pdb",20,27
  11. "pdbinput/LysoPGz.pdb",10,5
  12. "pdbinput/MGDG366z.pdb",14,26
  13. "pdbinput/PA342z.pdb",15,21
  14. "pdbinput/PC364z.pdb",5,24

  15. NOTE: The geometry of the lipid provided in your pdb file should be aligned to Z axis, and the head group should be toward to the positive direction of Z axis. The lipid will be evenly placed in the box.

  16. Hint: Commonly a lipid occupies 65 Angstrom^2, you can correspondingly estimate box length.
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yjmaxpayne + 3 好物!
sobereva + 3
captain + 5 谢谢

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我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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