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[GROMACS] 求助 OPLSAA力场中的异常二面角参数转换

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在文献中查到离子的OPLSAA二面角参数为V1, V2, V3, Improper。例如V1-V3的值为0.000 2.000 0.000,单位kcal/mol。想请问一下,如果转换成ffbonded.itp中的以下格式该如何转换呢?#define improper_X_NO_ON_NO   2  180.0     43.93200

谢谢!

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发表于 Post on 2019-4-17 03:50:37 | 只看该作者 Only view this author
文献中在给出力场参数的同时肯定会给出方程的形式,然后在gmx manual 中也找出对应的方程,比较两个方程把参数对应起来

举个例子,假设你的V1 V2 V3是 DL_POLY的cos3形式:

你想把它转换为gmx的type1 二面角,那么在gmx manual中找到type1 的方程格式:

一一对应起来,比如对于A_1项 k_theta = 1/2A_1, n = 1, phi_s = 0, 对于A_2项,k_theta = 1/2A_2, n = 2, phi_s = 180,以此类推

如果你不想在gmx中把一个二面角写很多行,也可以转化成Ryckaert-Bellemans形式(gmx中的type 3):

用如下的方程:

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 13:26:53 | 只看该作者 Only view this author
好详细清晰的答复,谢谢!!

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4#
发表于 Post on 2019-4-22 17:04:05 | 只看该作者 Only view this author
请问对于type3 的 Ryckaert-Bellemans形式,如何二面角的角度信息如何体现?
以及,对于type1 的 公式,n可以为0吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 10:52:42 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2019-4-22 17:04
请问对于type3 的 Ryckaert-Bellemans形式,如何二面角的角度信息如何体现?
以及,对于type1 的 公式,n ...

这个我也不清楚的

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zc_charles_li + 1 谢谢

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