求助分子动力学模拟中PPi(焦磷酸根）力场问题

delbert · 发表于 Post on 2019-4-12 19:48:06

本帖最后由 delbert 于 2019-4-12 19:58 编辑

最近在做蛋白质的MD模拟，想从反应中间进行模拟（图中第二个红圈），但是其中的有Mg2+，碳正离子，PPi(焦磷酸根），如果运行MD就要对碳正离子和PPi(焦磷酸根）进行RESP拟合静电势电荷计算，然后创建力场文件，最终和蛋白质形成复合体在计算。感觉这样做心里很没底，尤其是对焦磷酸根的计算，有没有哪位Sobereva们指教一下，谢谢！
另外如果用QM/MM MD方法模拟，将碳正离子和PPi(焦磷酸根）用QM处理，这样就可以不用考虑这个区域的力场问题是不是问题会好解决一些？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-12 22:50:22

RESP电荷计算用Multiwfn极为容易，这点毫无难度
碳正离子和焦磷酸根拓扑文件用antechamber/acpype应当就可以搞
如果不是模拟化学反应不需要QMMM MD

delbert · 发表于 Post on 2019-4-13 00:03:12

本帖最后由 delbert 于 2019-4-13 00:10 编辑

sobereva 发表于 2019-4-12 22:50
RESP电荷计算用Multiwfn极为容易，这点毫无难度
碳正离子和焦磷酸根拓扑文件用antechamber/acpype应当就可 ...

sobereva老师
您好！
对于没有在正确的板块发帖下回一定注意。
我其实已经用gaussian和antechamber完成了碳正离子的力场文件，只是ppi根有一个问题，根据这个蛋白家族结晶结构，ppi都和Mg2+离子在蛋白质氢键的束缚下形成相同的拓扑结构（如图）。可是RESP的拟合是依赖构象的，这种情况可以直接使用固定的构象进行RESP电荷计算吗？RESP电荷计算需要把Mg2+考虑进去吗？
另外：我对您2018年的“佐贺偶像是传奇”的评分过低表示抗议，这是我看的地方宣传片拍的最好的。

k64_cc · 发表于 Post on 2019-4-15 09:57:38

delbert 发表于 2019-4-13 00:03
sobereva老师
您好！
对于没有在正确的板块发帖下回一定注意。

你看它叫Mg2+，那肯定是带2+的……
一般都是把小分子择出来分别拟合，担心构象问题可以考虑搜索多个构象一起拟合，Multiwfn是支持的，十分好用。

佐贺偶像是传奇十分CULT，我觉得挺好看的……

delbert · 发表于 Post on 2019-4-17 20:40:39

k64_cc 发表于 2019-4-15 09:57
你看它叫Mg2+，那肯定是带2+的……
一般都是把小分子择出来分别拟合，担心构象问题可以考虑搜索多个构象 ...

问题解决了直接用antechamber解决了
谢谢你的回复

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