求助如何降低蛋白和配体动力学的计算量

jjssfan · 发表于 Post on 2019-4-19 09:48:14

本帖最后由 jjssfan 于 2019-4-19 17:41 编辑

我有两个蛋白，氨基酸个数都是300出头，都用gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro-bt dodecahedron -d 1.0

gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro-p topol.top -o solv.gro加了水分子，一个蛋白加了SOL 水分子 85017，另外一个SOL 16173。计算差别很大，能不能想办法，把水分子的个数降低，工作量实在太大，只有16cpus，一次模拟5百万次还要重复，算到猴年马月。谢谢大家

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-4-19 10:23:43

你打开VMD看一下，那个加水多的应该是盒子太大导致的，而盒子大很可能是因为你在加盒子时候gro文件的取向不好（比如分子斜着放了）。用VMD把蛋白分子换个方向再保存，重新加盒子就好了。

jjssfan · 发表于 Post on 2019-4-19 17:37:34

tomwong4253 发表于 2019-4-19 10:23
你打开VMD看一下，那个加水多的应该是盒子太大导致的，而盒子大很可能是因为你在加盒子时候gro文件的取向 ...

我做的蛋白和配体动力学研究，加水多的，蛋白和配体距离太远了。配体的分子加了力场之后，坐标变了。因此我决定把蛋白分子和配体做个对接，移动蛋白再做动力学研究。谢谢

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