求助，umbrella sampling时，分子为什拉不动，好像硫原子被固定住了

向日葵天涯

在做umbrella sampling时，被拉的分子A，好像拉不动似的，分子都拉变形了，但是距离还是拉不开，感觉像是其中的几个原子被固定住了，其中有一个是硫原子。不知道是什么问题，求助各位大神

向日葵天涯

index文件已核对了ChainA选择了整个分子A，没有错误。top文件中，分子A的所有原子都没有固定。拉的力尝试了1000-5000，都不行。各位大神求指导。
mdp参数如下：; Pull code
pull = umbrella
pull_ngroups = 2
pull_ncoords = 1
pull_group1_name = ChainA
pull_group2_name = ChainB
; harmonic biasing force
pull_geometry = distance
pull_coord1_vec = 1 0 0
pull_dim = Y N N
; simple distance increase
pull_coord1_groups = 1 2
pull_coord1_rate = 0.005 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_coord1_k = 5000 ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_start = yes ; define initial COM distance > 0

guoy14iccas

向日葵天涯 发表于 2018-8-29 21:08
index文件已核对了ChainA选择了整个分子A，没有错误。top文件中，分子A的所有原子都没有固定。拉的力尝试了 ...

你的那个pull=umbrella,觉得此处应该是pull=yes；激活牵引代码之后，下面才会生效；另外在下面写pull_coord1_type = umbrella；不知道你说的的分子拉变形了是指的哪里，图片看不出来，指教一下。

向日葵天涯

guoy14iccas 发表于 2018-8-30 08:30
你的那个pull=umbrella,觉得此处应该是pull=yes；激活牵引代码之后，下面才会生效；另外在下面写pull_coo ...

谢谢建议，但是我的mdp写的是gromacs5版本的，你说的两个问题并不可行。我说的拉变形了指的是S原子相连的几个原子，感觉被固定了似的，本来是螺旋结构的，结果周围的原子感觉有力把他们拉开了。

guoy14iccas

向日葵天涯 发表于 2018-8-30 09:56
谢谢建议，但是我的mdp写的是gromacs5版本的，你说的两个问题并不可行。我说的拉变形了指的是S原子相连的 ...

想知道这个GMX版本mdp关于这个更改写法的修改在哪里可以看到，可否分享一下，多谢。

k64_cc

用plumed吧……

向日葵天涯

guoy14iccas 发表于 2018-8-30 10:15
想知道这个GMX版本mdp关于这个更改写法的修改在哪里可以看到，可否分享一下，多谢。

我直接看的gromacs manual

向日葵天涯

k64_cc 发表于 2018-8-30 15:28
用plumed吧……

没用过plumed，能否分享一些经验或者跑任务的脚本