AmberTools18和Amber18已发布

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-20 07:55:52

今日发布了AmberTools18和Amber18
AmberTools18相对于17没有太大改变，主要是PBSA支持了CUDA值得一提，并且自带了建立膜体系的工具。详情看http://ambermd.org/AmberTools.php

Amber18的新功能

Free energy calculations on GPUs
GPU support for 12-6-4 ion potentials
Domain decomposition for CPU-parallelism
Nudged elastic band calculations for pmemd (CPU and partial GPU implementation)
Constant redox potential calculations, to supplement constant pH simulations
Support and significant performance improvements for the latest Maxwell, Pascal and Volta GPUs from NVIDIA.
New pmemd.gem code for advanced force fields, including AMOEBA

alystone · 发表于 Post on 2018-4-20 08:00:55

本帖最后由 alystone 于 2018-4-20 08:03 编辑

刚看到官网更新，再来论坛就被sob老师领先了。求amber18的代码。不知道这个GPU自由能指的是TI,FEP之类的，还是单纯指PBSA这种粗略方法。

alystone · 发表于 Post on 2018-4-20 08:17:30

本帖最后由 alystone 于 2018-4-20 08:33 编辑

果然空欢喜一场，只是增添了pbsa这种方法，对于严格的自由能计算，还是得用CPU来跑。在Amber18的手册里，相关部分居然连版本号都没有变，和amber16一模一样。等了两三年了，还是没等来，只能默默的继续用gromacs来跑。

chem20 · 发表于 Post on 2018-5-27 02:48:30

i need direct download link for Amber 18

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