GROMACS命令报错

lira · 发表于 Post on 2018-3-22 20:14:29

我目前在用GROMACS算一定时长，两个小分子在水盒子的相互作用。做到最小化命令时（gmx_mpi grompp -f minim.mdp）出现如图错误，未查到相应纠正办法，希望各位大佬帮忙看一看，具体应该改哪个文件的哪个数据？

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-24 06:53:14

定义成键参数时候格式不对，屏幕上已经提示了格式不合要求

lira · 发表于 Post on 2018-3-26 14:08:02

sobereva 发表于 2018-3-24 06:53
定义成键参数时候格式不对，屏幕上已经提示了格式不合要求

也就是说我生成的top文件格式出了问题的意思么？麻烦老师空闲时小看一下，多谢多谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-28 15:21:57

[bonds]下面应当四列，你文件里第三列是多余的
末尾
SOL             450
SOL             4034
SOL             4033
SOL             4027
也莫名其妙，这应当写在[molecules]里

lira · 发表于 Post on 2018-3-29 09:50:53

sobereva 发表于 2018-3-28 15:21
下面应当四列，你文件里第三列是多余的
末尾
SOL 450

老师您好，
top文件我纠正完了，关于bond，我改过以后显示图片4.故又该回去了。剩下的图片错误内容，是我最近频繁碰到的。我觉得我完全没有触及到根源的错诶，所以每次小改动可能都没有意义。恳请老师空闲时帮忙看一下。再有，我想做的是用GROMACS尝试两个小分子在水盒子的动态过程。我的整体文件如下，conf2.gro加的盒子，conf3.gro加的水。能量最小化命令开始就各种报错，找了很多次方法，还是没什么进展。希望老师可以给一点点建议。
最后，问您一个小问题，用packmol给pdb文件加水盒子，用DFTB+算MD过程是否可行。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-29 10:50:07

lira 发表于 2018-3-29 09:50
老师您好，
top文件我纠正完了，关于bond，我改过以后显示图片4.故又该回去了。剩下的图片错误内容， ...

你的gmx基础知识方面太欠缺，三言两语讲不明白，这里直接给你一个水+乙醇盒子的模拟体系所有输入输出文件（北京科音分子动力学与GROMACS培训班里的一个例子），对照着看看应该能明白怎么回事
用packmol建模完全可以

ethanol_water.rar (2.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 56)

lira · 发表于 Post on 2018-3-29 21:12:02

sobereva 发表于 2018-3-29 10:50
你的gmx基础知识方面太欠缺，三言两语讲不明白，这里直接给你一个水+乙醇盒子的模拟体系所有输入输出文件 ...

好的，十分感谢老师，GROMACS我确实才刚接触一周，欠缺的很多，感谢老师的帮助

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