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[GROMACS] 关于径向分布问题

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各位社友,请教一下,如下图,我计算各种添加剂与溶质分子的径向分布,其中有两种在0.2nm内就出现2的峰强度,这是为啥,而像黑色的红的曲线很符合,我是按照分子的质心来计算的!这个怎么解释

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发表于 Post on 2018-3-14 21:29:19 | 只看该作者 Only view this author
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触,模拟早就崩了。仔细检查,还不行换个rdf计算工具再看看。

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caijingtao1993 + 4 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 19:28:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触,模拟早就崩了。仔细检查,还不行换个rdf计 ...

社长,我的指令是:gmx rdf -f urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.trr -s urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.tpr -n urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-rdf.ndx -b 40000 -e 60000 -rdf mol_com -o urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf-40ns.xvg -cn urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf_cn-40ns.xvg
在索引文件中我选中的是熔液层中的一个海藻糖分子,另一个组是所有溶液层中的溶质分子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-15 19:30:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触,模拟早就崩了。仔细检查,还不行换个rdf计 ...

试过多个溶液中的海藻糖分子与溶质分子的径向,结果都差不多

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