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[GROMACS] gmx energy计算库伦作用的问题

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         请问 43  coul-SR A-A ,这里面的A是带正电的组分,为什么计算出来的数值会是负值?还有当A只有一个带正电分子的时候为什么也会有数值,而且数值为负数?还请各位老师多多指教,谢谢!

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发表于 Post on 2017-11-9 13:51:43 | 只看该作者 Only view this author
我不清楚你的体系的具体构成,A是一个还是多个分子、怎么分布的,负值不是不可能出现的。
只有一个带正电分子时,分子内部正负电荷相互作用,可以令分子内部静电作用为负(只要分子内有带负电荷的原子,就有这种可能,比如就两个原子,一个是+2.0,一个是-1.0,整体带+1.0)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-9 15:03:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-9 13:51
我不清楚你的体系的具体构成,A是一个还是多个分子、怎么分布的,负值不是不可能出现的。
只有一个带正电 ...



我这个分子好像所有的原子都带正电,计算的coul-SR是 -340,请问老师,这是哪里出错了?

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发表于 Post on 2017-11-9 15:27:03 | 只看该作者 Only view this author
1427437701 发表于 2017-11-9 15:03
我这个分子好像所有的原子都带正电,计算的coul-SR是 -340,请问老师,这是哪里出错了?

如果A组就是这个MEY,那我也不清楚,理应不应该有负值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-9 15:31:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-9 15:27
如果A组就是这个MEY,那我也不清楚,理应不应该有负值

好的,谢谢老师!

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