药物与蛋白作用热点残基预测

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-10-21 13:52:33

本帖最后由 xxxjjjqqq 于 2017-10-21 14:19 编辑

各位好，我有一药物已用实验发现能与某一残基发生作用，想再做一些突变体的蛋白来证明该药物就作用于这一区域。现在想知道该区域哪个残基对它的结合影响最大，好减少工作量，想用模拟的方法预测。对模拟不是太懂，有一些想法，希望大家给点意见。
1对接？把该结合位点的附近的残基全部分别突变一次，看看比较对打分的影响？
2找一个合理或者优化后的构型，把该结合位点的附近的残基全部分别突变一次，分别计算它们的结合能（autodock？gaussian？）
3跑动力学？好像算结合能可以把结合能分解到每个残基上？
………………
请问各位有什么比较靠谱的方法，计算量又比较小。类似文献介绍？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-21 14:39:32

比较常用也比较可靠的做法是amber跑MMPBSA，可以把相互作用分解成每个残基与配体的加和。amber也可以做alanine-scanning，对考察这个也很有用，相关文章很多，比如DOI 10.1002/jcc.20566、J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1311−1319。

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-10-21 15:21:15

本帖最后由 xxxjjjqqq 于 2017-10-21 18:07 编辑

多谢老师。我小分子柔性挺大，每次对接进去构象都不太相同，初始结构应该怎么选呢，不同初始构象会不会对结果影响很大？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-21 23:56:23

对接进去跑一段动力学，会自发调整到最优的结合构象

greatzdk · 发表于 Post on 2017-10-22 11:29:55

建议多看看文献，你的蛋白之前有其他分子抑制剂吗？他们有什么特征，你的分子已经证明与某残基作用（是突变该残基吗？）可以通过已有信息做一些初步判断。
然后结合对接分析加实验验证，这是最直接的方法。

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-10-23 08:25:45

谢谢各位老师，我先试试

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