Amber14安装问题

stecue · 发表于 Post on 2017-10-12 11:52:04

icc如果自己装，编译起来挺麻烦。如果有MKL，直接用GCC就行。

huhuhu · 发表于 Post on 2017-10-16 11:45:25

HarrisLin 发表于 2017-10-12 11:33
啊我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題

谢谢你啊我按照这个装好了但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb -o Ephedrine.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
但是显示 antechamber：未找到命令
请问您遇到过这种问题么？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-16 17:44:18

huhuhu 发表于 2017-10-16 11:45
谢谢你啊我按照这个装好了但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephe ...

amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-10-16 23:05:18

如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾
source amber16.sh
然後你可以用antechamber試試看amber是否有啟用
有啟用的話會跳出說明文字
這時候就可以從這個資料夾離開去其他資料夾使用amber
(每次新啟用終端都要來一次和GMX不同)

huhuhu · 发表于 Post on 2017-10-17 11:30:11

sobereva 发表于 2017-10-16 17:44
amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

谢谢社长加了之后就好了

huhuhu · 发表于 Post on 2017-10-17 11:31:00

HarrisLin 发表于 2017-10-16 23:05
如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾

恩非常感谢可以用了

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