如何快速的获取文献中提到的分子结构式的三维坐标

ruanyang · 发表于 Post on 2017-7-16 12:56:10

请教大家一个问题，我们在阅读文献中经常会看到一些分子的结构式（如图片所示），我相请问一下如何能够快速的获取这些结构式对应的三维原子坐标结构，方便在VMD等可视化软件中查看，谢谢！

xujian · 发表于 Post on 2017-7-16 13:28:17

不知道文献的supporting里是否会提供坐标信息

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-7-16 13:45:19

用chemdraw 画完拖到chem3D

ulosggs · 发表于 Post on 2017-7-16 16:53:21

openbabel

steven · 发表于 Post on 2017-7-17 18:59:35

冰释之川发表于 2017-7-16 13:45
用chemdraw 画完拖到chem3D

很有用

CayJ · 发表于 Post on 2018-8-15 15:09:11

为什么在Chem3D中得到水的笛卡尔坐标会与文献中的不同？

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-15 16:18:05

CayJ 发表于 2018-8-15 15:09
为什么在Chem3D中得到水的笛卡尔坐标会与文献中的不同？

因为文献里不是以这种方式得到的水的笛卡尔坐标

CayJ · 发表于 Post on 2018-8-15 17:00:25

sobereva 发表于 2018-8-15 16:18
因为文献里不是以这种方式得到的水的笛卡尔坐标

老师，我不是很懂，我正在学习Exploring Chemistry with electronic structure methods，我发现此文章里的分子结构式的笛卡尔坐标与Chem3D里的不一致，这是为什么？有对错之分吗？

LGC020305 · 发表于 Post on 2018-8-15 22:42:15

CayJ 发表于 2018-8-15 17:00
老师，我不是很懂，我正在学习Exploring Chemistry with electronic structure methods，我发现此文章里 ...

难道xyz 坐标不一样就不是同一个分子吗？
例如H2，第一套xyz坐标
H1 0.0 0.0 0.0
H2 0.0 0.0 0.74

第二套xyz坐标
H1 0.0 0.0 0.0
H2 0.74 0.0 0.0

这两套坐标是不是都是H2？？？不同的软件生成的坐标也许不一样（中心坐标选择不同，以及原子编号不同），并不是说绝对结构不一样.

CayJ · 发表于 Post on 2018-8-16 10:33:53

LGC020305 发表于 2018-8-15 22:42
难道xyz 坐标不一样就不是同一个分子吗？
例如H2，第一套xyz坐标
H1 0.0 0.0 0.0

哦原来是这样，我不了解如何定分子中各个原子坐标的，刚开始学量子化学

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-16 11:36:48

CayJ 发表于 2018-8-16 10:33
哦原来是这样，我不了解如何定分子中各个原子坐标的，刚开始学量子化学

一般获得分子结构的途径
用gview等程序画个基本靠谱的结构，然后用Gaussian、ORCA等量化程序做几何优化

Shine剪水 · 发表于 Post on 2018-8-17 11:02:16

如果知道结构信息或者知道CAS也可以在SCIFinder上面通过结构式或者CAS来搜索，一般的化合物是可以下载到.mol文件的

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