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[程序/脚本开发] 团簇原子移动标记问题

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楼主
本帖最后由 my_aman 于 2017-5-31 09:59 编辑

求助各位老师同学:我使用自己编写的程序产的团簇结构过程中,比如产生一个13原子的结构,现在想标记其中的3个原子,想探究三个原子经过局部优化后移动分别情况。但是在编程一直无法实现。现求助,在编程时应该怎么编写程序才能达到标记其中的原子呢?谢谢了。图为初始产生的结构




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发表于 Post on 2017-5-31 10:41:41 | 只看该作者 Only view this author
每步优化时输出coor里相应的3*i到3*i+2坐标不就行了?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-31 17:28:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-31 10:41
每步优化时输出coor里相应的3*i到3*i+2坐标不就行了?

谢谢老师,不过我没明白。输出好像不能达到标记个别原子的作用呢。

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发表于 Post on 2017-5-31 17:48:07 | 只看该作者 Only view this author
什么叫标记?给出了每一步坐标不就跟踪这个原子怎么动了
而且原子号码直接通过i已经体现了啊
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-31 19:32:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-31 17:48
什么叫标记?给出了每一步坐标不就跟踪这个原子怎么动了
而且原子号码直接通过i已经体现了啊

哦哦,老师的意思是每优化一次,然后就输出坐标看一下?谢谢老师

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发表于 Post on 2017-6-1 06:31:57 | 只看该作者 Only view this author
我不清楚你的具体目的,如果就是想要看优化过程中某个原子的变化轨迹,就是每一步输出一次它的坐标,然后作成图就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-1 08:33:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-1 06:31
我不清楚你的具体目的,如果就是想要看优化过程中某个原子的变化轨迹,就是每一步输出一次它的坐标,然后作 ...

谢谢老师,怪我没表述清楚。以后提问会说的详细些。

我说的标记的意思是比如  :先产生13个A原子的结构,优化之前,先选择其中的3个原子标记为B (这里之所以使用B标记是为了用可视化软件打开后直观的就可以看到其原子的位置),然后再优化,之后就可以打开软件直接观看B原子的优化后的位置。

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发表于 Post on 2017-6-1 08:55:22 | 只看该作者 Only view this author
每一步把所有原子坐标都输出成xyz文件,每一步结构作为一帧(xyz文件可以包含多帧)。然后用VMD载入,graphics-representation里建立个新的显眼的显示方式或颜色,选择的原子范围写上比如serial 2 3 8,然后这几个原子就高亮显示出来了。拖动进度条就可以看到优化过程中这三个原子怎么动的
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