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[VMD] 如何显示成键的动态变化

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大家好!
我目前用VMD分析铝热化学反应,想在输出的原子轨迹中加上原子键,VMD中"representation"--"Drawing Method"--CPK方法加上的原子键是不正确的,大于正常间距的两个原子之间也显示原子键了,问一下大家是否有方法定义原子成键的距离,谢谢!

360截图20170524211506752.jpg (67.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

原子键

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发表于 Post on 2017-5-24 22:40:33 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-7-26 16:12:15 | 只看该作者 Only view this author
如果体系中有多个原子键,dynamic bond只能设定一个阈值,各原子间的成键键长可能差别较大,这样的话怎么能对所有原子间的成键断键变化有个合理的描述呢

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发表于 Post on 2019-7-26 22:48:21 | 只看该作者 Only view this author
fsh 发表于 2019-7-26 16:12
如果体系中有多个原子键,dynamic bond只能设定一个阈值,各原子间的成键键长可能差别较大,这样的话怎么能 ...

不同范围原子定义为不同的rep,设置不同的阈值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-26 23:39:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-26 22:48
不同范围原子定义为不同的rep,设置不同的阈值

比如体系中有O-H键,Ti-H键,Ti-O键,我可以在VMD中定义三个rep,在这三个rep中分别针对这三种成键方式设置三个不同阈值,然后显示轨迹中成键断键的动态变化?是这样吗,sob老师

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发表于 Post on 2019-7-27 04:36:21 | 只看该作者 Only view this author
fsh 发表于 2019-7-26 23:39
比如体系中有O-H键,Ti-H键,Ti-O键,我可以在VMD中定义三个rep,在这三个rep中分别针对这三种成键方式设 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-27 17:08:09 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-15 15:37:29 | 只看该作者 Only view this author

老师,还想问一下,vmd里Graphics--Labels可以实现某两个特定原子间键长随时间的变化,能不能实现某两种原子间的键长随时间的变化呢

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发表于 Post on 2019-8-16 07:04:58 | 只看该作者 Only view this author
fsh 发表于 2019-8-15 15:37
老师,还想问一下,vmd里Graphics--Labels可以实现某两个特定原子间键长随时间的变化,能不能实现某两种 ...

两类原子间的键长需要自行对每一对计算出来后取平均。这需要自己写tcl脚本实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-18 18:20:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-16 07:04
两类原子间的键长需要自行对每一对计算出来后取平均。这需要自己写tcl脚本实现

好的,谢谢老师

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