关于GPU加速效率不彰的疑问

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最近攒了一个台式机，Ryzen 1700x + GTX1080，并在上面安装了GROMACS 5.1.4。

用它跑MD时，我发现对于六万个原子的体系，这台机器的效率可以达到90ns/day，GPU可以满载运行；而对于二十二万个原子的体系就只有7~8ns/day，同时GPU占用率、显存和PCIe带宽都保持在30%以下。相对的，在天河一号节点上使用60核运算时，对于六万个原子的体系计算速度在40ns/day；对于二十二万个原子的体系，计算速度依然有15ns/day左右。

一开始我觉得可能是FFT触及了CPU的计算瓶颈，但在关闭Ewald方法后，GPU占用率依然没有提升，对于大体系的运算速度也只增加到了15ns/day，与开了Ewald方法的天河一号大致相同。

请问有人对这种情况有了解吗？造成这种现象的原因可能是什么呢？