关于一个分子在nvt阶段正常运行，但是在npt阶段发生断裂的问题

唐观星

我在进行一个多分子的聚集分析，此前由于限定设置的问题，老是在npt阶段发生报错，随后经公社老师们的帮助，学会了生成限制文件，但是再次在npt阶段时发生报错。于是我又进行了一次单个分子的模拟，同样的问题，在nvt阶段正常进行，在进行npt时，开始报错，查看结构发现，在nvt.gro中完好的结构在npt的文件中发生断裂。我想问一下这种情况是由什么引起的，我又该怎么解决。用到的itp，pdb，以及mdp文件都在附件中。感谢各位老师的帮忙。

pal

用的不是反应力场，原理上就不会断键，顶多是跨盒子了

唐观星

没有跨盒子，就是断开了，图片中间哪个位置