使用gromacs对AF3得到蛋白-蛋白复合物结构的实验结果进行稳...

夜航星

请问一下公社里面的各位老师，使用gromacs对AF3得到蛋白蛋白复合物结构的实验结果进行稳定性模拟和结合能预测是否具有意义和可行性？AF3的iptm能否反映结合的紧密程度？如果还需要获取结合的紧密程度比如结合能应该结合哪些程序获取？直接使用helixfold可以吗？我对我的蛋白蛋白质复合物的模拟同时使用了AF3,HELIXFOLD,发现结果差距不是很大，大约在百分之10以内，那使用helixfold是否也是相当具有可行性的？可惜helixfold官网对使用smiles字符的配体的重原子数进行了限制，无法像AF3一样进行较大的分子的输入

樊樊樊

AF3结果解读：https://alphafoldserver.com/guid ... om-alphafold-server，你可以看一下这个网站。
蛋白与蛋白以PTM为主，小分子和蛋白参考PAE 或 pLDDT。
结合能，紧密度这些你把AF3预测的结构下载，然后选一个得分高的，跑分子动力学模拟，跑完了过后在做计算。
helixfold我看他官网上面和alphafold相差不大，不过能用alphafold就用alphafold呗，虽然每天只能用20次任务。
不知道以上解答有没有问题