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[GROMACS] 求助:如何通过后处理获得二维电势和电场强度分布图

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本帖最后由 方方方 于 2025-8-14 21:44 编辑

最近看文章([size=0.75]https://doi.org/10.1063/5.0180409)的时候,有看到作者通过LAMMPS模拟结合后处理(也还是使用the smooth particle-mesh Ewald方法)得到了电势二维云图,结合之前个人试过结合gmx densmap得到的数密度+电荷得到电荷密度图(但我觉得直接相乘是不是也不太合理,而应该再加上一个高斯分布),是否能基于此,用傅里叶变换+泊松方程求解得到电势和场强的分布图?
还是说需要后处理gro文件,进行网格化,得到三维坐标下的电荷分布,基于此计算电势和场强分布,再取液滴轴界面得到标准的分布呢?【参考见附件】




202508142132346614..png (378.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

论文电势分布

论文电势分布

charge_potentia_E.zip

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2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
最后已经通过Slab修正的PME-ewald方法,得到了电势和场强分布

但之前查ai,发现其实gmx中本身就已经计算了电势网格,但是并没有输出,不知道是否有大佬通过修改源码实现这个功能

slab_avg_xtc_phi_slices.png (476.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

slab_avg_xtc_phi_slices.png

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