[GROMACS] 一键自动配置蛋白质-小分子MD体系脚本

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发表于 Post on 2025-4-29 22:18:52 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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本脚本适用于Linux下，使用Gromacs与ACPYPE自动生成蛋白质-小分子体系的拓扑文件。

使用前请您确保您已安装GROMACS与ACPYPE，并将蛋白质命名为protein.pdb，小分子命名为mol.mol2，本脚本将自动使用压缩包中的三个mdp文件(可自行修改配置)进行配置，使用AMBER99-ILDN力场，TIP3P水模型，GAFF2小分子力场自动配置体系，能量最小化与体系预平衡，生成md.tpr用于100ns动力学模拟

10.5281/zenodo.15304136

auto-md.zip

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