用python脚本把pdb格式转化为gro格式,输出文件是0kb

penghao521 · 发表于 Post on 2025-4-27 13:28:21

请问各位大神，用python脚本把pdb格式转化为gro格式,输出文件是0kb。python安装了2个版本都是这样的结果。

frank666 · 发表于 Post on 2025-4-27 14:44:55

用VMD试试

BangbooCat · 发表于 Post on 2025-4-27 18:19:42

背景信息不足，最好标明用的哪个python脚本，另外，可以使用sobtop赋予力场转换PDB文件为gro格式

penghao521 · 发表于 Post on 2025-4-27 19:14:32

frank666 发表于 2025-4-27 14:44
用VMD试试

我用了wfn试了试坐标差距比较大

penghao521 · 发表于 Post on 2025-4-27 19:16:19

penghao521 发表于 2025-4-27 19:14
我用了wfn试了试坐标差距比较大

是在输入命令时加上python版本号吗

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-27 19:58:04

根本什么有效信息都没提供，是提问的典型反面教材，认真把以下文章看了，检讨当前的提问方式、补充说明关键信息：
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

“我用了wfn试了试”里面的wfn更是不知所云

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[GROMACS] 用python脚本把pdb格式转化为gro格式,输出文件是0kb

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