求教如何用gromacs模拟长linker串联的蛋白分子

Sagaf · 发表于 Post on 2025-4-24 15:30:14

各位好。想请教一个问题，分子是fused protein，是三个不同的蛋白分子通过(GGGGS)*3这样的linker串联而成，结构是通过Chimera X手动拼接的，有些不自然，希望通过模拟优化结构。用常规的参数在平衡前或者平衡的时候就会报错，查看输出的stepxxx.pdb发现linker会跑变形而导致模拟终止。想和大家请教一下这样的情况应该如何处理。

jxt · 发表于 Post on 2025-4-24 17:13:03

为啥要手动拼接？不能直接AF2m吗

Sagaf · 发表于 Post on 2025-4-24 17:45:09

jxt 发表于 2025-4-24 17:13
为啥要手动拼接？不能直接AF2m吗

不行，af2m af3出来的结构不对，活性区域被包埋了，做relax或者模拟都得不到理想的构象所以才手动拼

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-24 17:51:26

用modeller的model loop? Chimera有interface 的。(没试过chimeraX的，但好像也有interface)

Sagaf · 发表于 Post on 2025-4-25 10:23:33

student0618 发表于 2025-4-24 17:51
用modeller的model loop? Chimera有interface 的。(没试过chimeraX的，但好像也有interface)

好的，我试试。感谢

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[GROMACS] 求教如何用gromacs模拟长linker串联的蛋白分子

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