计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 491|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 小白求助如何得到小分子参数相关文件

[复制链接 Copy URL]

44

帖子

0

威望

375

eV
积分
419

Level 3 能力者

请教各位大佬,我要建成如图的体系,蛋白质已经用charmm27力场跑md,配体用charmm-gui得到相关文件itp好像不太全,所以用了swissparam(看到说和27力场耦合更好)(amber还没接触到和cgenff登录不了)GDP结构找到文献所说的1GP2结构中所包含的GDP结构,那GDP所需要的相关文件去哪里找??GDP在这个体系中也是小分子,但是用配体的方式要得到GDP.itp试了不行,先谢谢各位大佬解答了,无基础实在是不懂

图片1.png (109.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

图片1.png

488

帖子

1

威望

1144

eV
积分
1652

Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2025-4-17 22:10:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2025-4-17 22:30 编辑

为什么用charmm27力场?非特殊情况CHARMM系列现在建议用CHARMM36m的,不然跑完会被审稿人质疑的。

而且CHARMM-GUI的小分子力场库有GDP的,所谓不太全具体是指缺了什么?具体操作用什么工具,所有步骤,遇到的报错?

我以前给合作的组用CHARMM-GUI建蛋白-GDP和蛋白-GTP体系都能直接跑的。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120146

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2025-4-18 05:52:55 | 只看该作者 Only view this author
小分子十分推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

375

eV
积分
419

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 09:35:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-18 05:52
小分子十分推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件

Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场,所以不能用sobtop生成的文件了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120146

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2025-4-23 11:53:34 | 只看该作者 Only view this author
王肖索 发表于 2025-4-23 09:35
Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场,所以不能用sobtop生成的文件了

完全是开玩笑
拓扑文件是你自己的,参数体现在里面,谁规定在这集群上跑的模拟非得用CHARMM的参数了?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 00:12 , Processed in 0.185545 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list