求助将pdb文件导入到ms后，如何显示盒子的边框

294459463 · 发表于 Post on 2025-4-16 17:03:34

各位老师好，最近在构建模型的时候有一些疑问。我构建模型的时候使用了ms搭建小分子，然后使用packmol填充成盒子，将盒子的pdb导入到ms后发现没有盒子的边框，在vmd中也没有显示，折腾了半天也没效果。之后我又使用ms的ac盒子构建了简单的盒子，导出为pdb文件，再添加到ms后，发现盒子的边框又消失了。保存为xsd,xtd都可以，但是我在构建模型的时候还是用的pdb较多，所以想解决一下这个问题。请问各位老师，这是由于什么原因导致的呢，如何在ms中显示处盒子的边界呢？没有边框影响体系的周期性吗？如果可以的话，还是请各位老师解答一下原因。

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-17 03:59:34

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

chemTT · 发表于 Post on 2025-4-17 09:14:31

你看一下pdb文件前几行有盒子的信息吗，没有可以手动添加一下，有的话就正常了。另外，用packmol建的模型好像默认没有盒子，得自己再添加

294459463 · 发表于 Post on 2025-4-17 09:30:42

sobereva 发表于 2025-4-17 03:59
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的谢谢卢老师

294459463 · 发表于 Post on 2025-4-17 09:49:27

chemTT 发表于 2025-4-17 09:14
你看一下pdb文件前几行有盒子的信息吗，没有可以手动添加一下，有的话就正常了。另外，用packmol建的模型好 ...

好的，packmol构建的文件中有CRYST1 41.28 41.26 41.29 90.00 90.00 90.00 P 1 1这一行信息，我用vmd的pbc box命令可以加载显示盒子，在ms里就不行，可能ms还在格式上有一些要求吧。

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-17 14:50:52

294459463 发表于 2025-4-17 09:49
好的，packmol构建的文件中有CRYST1 41.28 41.26 41.29 90.00 90.00 90.00 P 1 1 ...

不是所有程序都会读取pdb里的盒子信息
可以用Multiwfn载入pdb，然后主功能100的子功能2导出cif文件再载入M$，cif里的盒子信息是所有程序都会载入的

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