求助：如何构建膜-蛋白-配体体系

littlefive · 发表于 Post on 2025-4-10 15:04:28

我的蛋白是膜蛋白，经过虚拟筛选后，获得多个配体分子，现在想加上POPC磷脂膜进行分子动力学模拟。我直接用CHARMM-GUI的charmm力场对蛋白进行膜构建，后续在配置文件中再写入小分子的拓扑文件，可以吗？还是说需要蛋白和小分子形成复合物再用CHARMM-GUI构建膜-蛋白-配体体系？这两者影响大吗？

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2025-4-11 09:09:02

同问！
膜蛋白还有转运底物的话就是膜-蛋白-蛋白底物小分子-配体的系统如何构建？

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[蛋白质建模] 求助：如何构建膜-蛋白-配体体系

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