GaMD模拟报错IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENOR会导致模拟运行但速度减慢吗？

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2025-4-1 11:01:10

在超算平台里使用AMBER做膜蛋白的GaMD模拟
环境配置AMBER20，AmberTools21，openmpi 4.1.0，gcc 7.5，Cuda 12.2，python 3.10.
编译环境：Red Hat 4.8.5-44, x86_64
GPU: TeslaV100-SXM2-32GB 分配10核及38GB内存
模拟体系原子数量14万个
蛋白结构在gromacs里md模拟100ns平衡之后想着在Amber里进行50ns的cMD和500ns的GaMD模拟

运行了4天半了目前已经完成cMD
而GaMD在gmad.log文件里看是运行360ns左右

但运行的log文件一直输出的是The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENOR 查找相关提示并不影响但是运行速度很慢

在论坛上看到测试 TeslaV100-SXM2-32GB显卡 26万原子体系可以达到70ns/day；

运行提交的命令
pmemd.cuda -O -i 06_gamd_0.in -o 06_gamd_0.out -p mapo_sol.prmtop -c 05_prod.rst -x 06_gamd_0.mdcrd -inf 06_gamd_0.info -r 06_gamd_0.rst
pmemd.cuda -O -i 06_gamd_1.in -o 06_gamd_1.out -p mapo_sol.prmtop -c 06_gamd_0.rst -x 06_gamd_1.mdcrd -inf 06_gamd_1.info -r 06_gamd_1.rst

求助是不是最初蛋白结构文件有问题导致目前运行有error和速度慢？

mapo.zip (4.15 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-1 13:00:16

本帖最后由 student0618 于 2025-4-1 13:24 编辑

mdinfo 显示的是多少ns/day?

GaMD 会比cMD慢一些的，没理解错的话是因为他要算bias跟固定频率算平均的potential，至于慢多少要看体系跟setup。

Amber也要特别检查一下输出全原子轨迹的频率，无论是netcdf还是mdcrd格式，这个ntwx太小的话用HDD可以拖慢好几倍，SSD的话好一点但还是会影响的。这要找到平衡点，我以前GaMD 跑的体系算free energy surface要好看ntwx不可太大。

Nancylee0416 · 发表于 Post on 2025-4-1 14:50:16

student0618 发表于 2025-4-1 13:00
mdinfo 显示的是多少ns/day?

GaMD 会比cMD慢一些的，没理解错的话是因为他要算bias跟固定频率算平均的po ...

查看cMD是92.99ns/day;GaMD是平均89.52ns/days.这个速度是正常吗？

ntwx我设置的是5000,总步数250000000。想问一下您设置一般多少呢？
有这个报错一般是因为什么呢？

感谢！

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-1 15:30:49

那个不是报错，pmemd正常跑完都会见到那个note。

八月的雨季 · 发表于 Post on 2025-4-2 15:27:13

正常

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[Amber] GaMD模拟报错IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENOR会导致模拟运行但速度减慢吗？