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[Lammps] 离子液体模拟得到的密度和实验值相差较大,和实验值有5%左右的误差,这个误差能接受吗

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在经历高温淬火-退火-NPT(1ns)模拟后,得到的模拟均值约为1.65g/cm3左右,和实验值1.23g/cm3还有5%左右的误差,请问各位老师这个误差能接受吗,采用的力场是带0.8缩放电荷的OPLS-AA力场。

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发表于 Post on 2025-3-27 21:25:58 | 只看该作者 Only view this author
差异何止是5%。完全不能接受。真的只差5%还有商量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 15:23:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 21:25
差异何止是5%。完全不能接受。真的只差5%还有商量

不好意思sob老师,我少打了一个1,是1.165

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发表于 Post on 2025-3-28 16:31:24 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-3-28 15:23
不好意思sob老师,我少打了一个1,是1.165

勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-30 13:24:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-28 16:31
勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合

好的sob老师,我这边试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 12:27:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-28 16:31
勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合

sob老师,我计算了RESP2(0.5)的电荷,我看这篇文章里也有说https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.5b00689使用GAFF力场时,采用了0.8的电荷缩放,那么RESP2(0.5)的电荷是否也需要同样的操作呢

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发表于 Post on 2025-4-23 12:35:12 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-4-23 12:27
sob老师,我计算了RESP2(0.5)的电荷,我看这篇文章里也有说https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.5 ...

不缩放,倘若真发现了结果不理想到时候再说,而且即便缩放也未必0.8是合适的值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 12:54:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 12:35
不缩放,倘若真发现了结果不理想到时候再说,而且即便缩放也未必0.8是合适的值

好的sob老师,我先跑一下密度试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 17:39:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 12:35
不缩放,倘若真发现了结果不理想到时候再说,而且即便缩放也未必0.8是合适的值

感谢sob老师,我用了这个方式计算之后的密度是1.24,和实验值已经很接近了。此外我有个问题想问一下sob老师,GAFF力场+1.2*CMF电荷的热力学和输运性质,计算出来的结果都和实验比较接近了,为什么还是有相当多的离子液体模拟都是采用的OPLS-AA/0.8IL的力场呢?

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发表于 Post on 2025-4-23 21:30:23 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-4-23 17:39
感谢sob老师,我用了这个方式计算之后的密度是1.24,和实验值已经很接近了。此外我有个问题想问一下sob老 ...

历史原因、研究者惯性原因
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sobereva 发表于 2025-4-23 21:30
历史原因、研究者惯性原因

好的,谢谢sob老师

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