如何模拟间隔施加剪切力的情况

Willow0114 · 发表于 Post on 2025-3-7 14:43:35

各位老师，我想模拟间隔施加剪切力的情况，具体是1H（不施加力），1H（加剪切力），1H（不施加力），1H（加剪切力）·······这样的情况，有什么比较简便的方法吗？我现在就是采用最基础的办法，分成两个mdp文件，分别是施加力和不加力的，然后分段模拟（上一个阶段的最后最为下一次的起始），但是这样比价麻烦。想问问各位老师有没有什么简单的方法（比如在mdp文件里添加一些命令）。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2025-3-7 21:28:37

1H是个啥单位，如果间隔时间比较长，用这种分段模拟就行了，mdp没有这种分段模拟的功能。另外可能就是改改源码啥的可以实现自己的需求。

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-7 23:45:54

本帖最后由 student0618 于 2025-3-7 23:48 编辑

两个mdp轮流跑的话，写个bash脚本，一个for loop就能自动轮流grompp 上一个片段的gro/cpt 和mdrun了。

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-9 00:06:45

写shell脚本是最直接的实现方式，已经没有比这更简单的了

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