高分子盒子导出成mol2时报错无法保存穿越盒子的键，及sobtop如何生成周期性

absminfi

首先是在MS中绘制的盒子，提示：The mol2 exporter does not support bonds that extend beyond the asymmetric unit (function/property "Export")
第一次遇到这个问题，请问如何解决。就例如下图左边是出问题的盒子，右边是之前的一个没问题的盒子，本质上并没有区别啊。

之前导出mol2是为了生成拓扑文件，一直没问题，这次报错所以想问一下sobtop还支持什么类型的周期性盒子文件格式，例子里都是mol2，尝试了一下pdb貌似不可以。

slxc920113

导出为cif文件，然后用GaussView打开，保存为mol2文件，再按照sobtop教程添加晶胞信息。

或者用我写的AuToFF工具，操作更加傻瓜一点，就是在MOF/COF模块内，直接上传cif文件，然后选择GAFF或者OPLS力场，识别完原子类型之后用QEq电荷将就一下。
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

sobereva

如果你的盒子里是多个分子，应当用sobtop对每种分子单独产生拓扑文件，而不是拿整个盒子当输入文件

sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的教程弄周期性体系的例子，都是对于无限延展的MOF、石墨烯等完全共价键连接的跨周期体系而言的

怎么在产生拓扑文件时考虑周期性，主页上的例子都说得极其明确，要么用pdb文件并且里面加入CRYST1定义晶胞，要么在mol2文件里手动添加晶胞信息

此例用的结构文件是examples\diamond_3x3x3\diamond_3x3x3.pdb，是Multiwfn基于金刚石原胞构造出的3*3*3超胞的pdb文件，注意此文件开头的CRYST1字段定义了此超胞的盒子信息，这个信息必须有，否则Sobtop没法根据坐标判断出跨盒子的键。

(2)在mol2文件里写入晶胞信息，使得sobtop把此体系视为周期性体系。在mol2文件末尾加入一行@<TRIPOS>CRYSIN，在下一行写晶胞的a、b、c三个边长（埃）以及alpha、beta、gamma夹角（度），每个值之间以逗号分隔。例如：
@<TRIPOS>CRYSIN
3.785,3.785,9.514,90,90,90

一定要把sobtop主页的信息读完整

wcoolit

楼主解决了吗

zzvion

slxc920113 发表于 2023-5-5 17:52
导出为cif文件，然后用GaussView打开，保存为mol2文件，再按照sobtop教程添加晶胞信息。

或者用我写的Au ...

老师你好，我想请教一下要是超过1000原子是不是就不能用autoff添加力场了，还有什么其他方式吗

slxc920113

zzvion 发表于 2025-3-2 19:06
老师你好，我想请教一下要是超过1000原子是不是就不能用autoff添加力场了，还有什么其他方式吗

大体系也是小体系组装起来的，没必要一次性创建。

zzvion

slxc920113 发表于 2025-3-3 20:37
大体系也是小体系组装起来的，没必要一次性创建。

收到谢谢老师，我是催化剂的结构原子太多了，分子筛材料，根据周期性已经建好了，谢谢老师回复