已有多糖的结构怎么建立其glycam力场对应的拓扑文件？

thor · 发表于 Post on 2022-6-21 16:04:47

我想用gromacs模拟一个多糖在溶液加电场的体系，现在有了多糖的pdb文件，要怎么操作生成gromacs可以识别的top文件。之前看到过博文 GROMACS多糖模拟简单示例，还不是太明白怎么写这个多糖序列

mwx · 发表于 Post on 2022-6-22 09:54:53

看文献，总结最符合你的多糖实际模拟情况用的最多的力场。把力场文件放到gromacs的top文件夹里，然后一般就是pdb2gmx生成top。

thor · 发表于 Post on 2022-6-22 15:54:47

mwx 发表于 2022-6-22 09:54
看文献，总结最符合你的多糖实际模拟情况用的最多的力场。把力场文件放到gromacs的top文件夹里，然后一般就 ...

glycam不能直接这样操作

mwx · 发表于 Post on 2022-6-22 22:25:07

可以用glycam的参数建立非标准残基放到amber14力场里，然后复制到力场文件夹，就可以用pdb2gmx。当然你pdb文件的残基名和格式要符合你建的rtp条目。或者用直接用ambertools建模并且得到amber格式拓扑，然后转成gromacs格式就行了，Amber内置有glycam力场.

thor · 发表于 Post on 2022-6-23 17:33:11

mwx 发表于 2022-6-22 22:25
可以用glycam的参数建立非标准残基放到amber14力场里，然后复制到力场文件夹，就可以用pdb2gmx。当然你pdb ...

好的，我试试看

userrr · 发表于 Post on 2025-3-13 11:28:39

你好，博主，我现在也遇到和你一样的问题，我也想用gromacs模拟糖的力场，但是我用ambertools的时候转化我自己的mol2文件时显示找不到原子类型，我看了看和力场文件的原子类型是没有对上，我现在是想将自己的mol2文件转换成ambertools能够识别的文件，有什么好的方法和软件吗，我的mol2的文件是avogadro生成的，谢谢啦

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