求助关于gromacs的mmgbsa计算

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-3-8 00:03:19

最近老师叫我做mmgbsa，但是我在gromacs里只看到了第三方提供的mmpbsa的工具，manual里也没有介绍mmgbsa，所以我想请教一下，该如何计算mmgbsa。
用那个mmpbsa计算的时候算出来的是binding energy都是正值，是否合理？

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-8 04:49:42

gmx里可以定义energy group，可以给出相当于气相下两个group间的相互作用能。你对已经跑好的轨迹在开着GBSA的情况下rerun一下，能得到溶解自由能，对复合物与片段相减得到GBSA算出来的形成复合物前后溶解自由能的变化，然后加到group间相互作用能上即可。

ruanyang · 发表于 Post on 2016-3-8 07:52:39

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-3-8 08:31:27

sobereva 发表于 2016-3-8 04:49
gmx里可以定义energy group，可以给出相当于气相下两个group间的相互作用能。你对已经跑好的轨迹在开着GBSA ...

好的，我去试试，谢谢sob老师

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-3-8 08:32:29

ruanyang 发表于 2016-3-8 07:52
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/Usage.html#mmpbsastatpy

我就是用的这个进行的尝试，但是我发现算出来的都是正值，30kJ/mol和150kJ/mol。这个是否合理。算出来的是binding energy.

ruanyang · 发表于 Post on 2016-3-8 09:23:53

只能说，这个工具还是有点问题，碰到好多人说算出来的值，存在问踢。你可以试试用amber计算mmpbsa，这个貌似挺好的！

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-3-8 10:05:52

ruanyang 发表于 2016-3-8 09:23
只能说，这个工具还是有点问题，碰到好多人说算出来的值，存在问踢。你可以试试用amber计算mmpbsa，这个貌 ...

好的谢谢

cp45899 · 发表于 Post on 2017-12-25 16:18:27

ruanyang 发表于 2016-3-8 09:23
只能说，这个工具还是有点问题，碰到好多人说算出来的值，存在问踢。你可以试试用amber计算mmpbsa，这个貌 ...

同感

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-12-29 15:09:30

xxj9618 发表于 2016-3-8 08:32
我就是用的这个进行的尝试，但是我发现算出来的都是正值，30kJ/mol和150kJ/mol。这个是否合理。算出来的 ...

試試看nonpolar的部分不要用sasa 用sav
我改用sav結果合理多了

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