计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5704|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 溶剂化后蛋白和配体分子不在盒子中心

[复制链接 Copy URL]

52

帖子

0

威望

223

eV
积分
275

Level 3 能力者

各位老师,我按照教程做的蛋白溶剂化,gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -c -bt dodecahedron -d 1.0gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
发现蛋白配体复合物偏到了盒子一角,
上一步editconf构建盒子的时候已经加了-c,为什么还这样呢?




202111071322427759..png (434.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202111071322427759..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-11-8 22:25:16 | 只看该作者 Only view this author
如果想观看方便,就用矩形盒子,没必要为了省那么点计算量非要用12面体盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

223

eV
积分
275

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-9 11:23:39 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢老师

52

帖子

0

威望

223

eV
积分
275

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-15 12:03:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师 关于这个问题继续提问,模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃,会影响后续的分析吗?
比如说两个原子之间的距离之类的分析,还是说只是个显示问题,并不影响实际的结果,谢谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-12-3 06:28:24 | 只看该作者 Only view this author
vandenberg 发表于 2021-11-15 12:03
各位老师 关于这个问题继续提问,模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃,会影响后续的 ...

看具体什么程序做的分析
如果分析工具考虑了PBC就没关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

11

eV
积分
12

Level 1 能力者

6#
发表于 Post on 2025-3-7 10:41:15 | 只看该作者 Only view this author
老师 溶剂化后配体分子不在盒子中心,有什么影响吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 02:00 , Processed in 0.377308 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list