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[分子对接] 求助 蛋白-蛋白对接哪种工具好,对接结果怎样筛选

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本帖最后由 阳台的茵蒂克丝 于 2021-8-9 18:38 编辑

如题,我在做蛋白-蛋白对接时使用了hawdock、zdock、gramm-x、cluspro2.0、Frodock、swarmdock等工具,发现对接的结果千差万别。请问各位老师我该怎样从这些结果中筛选最接近实际的构象呢?如果没有很好地筛选方法那么目前蛋白-蛋白对接认可度最高的对接工具是哪个呢?(我要对接的蛋白只知道可以结合但不知道结合位点在哪儿)

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发表于 Post on 2021-8-9 19:33:05 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-9 19:33
建议看看
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/capri.html
https://zlab.umassmed.edu/zdock/benchmark.s ...

老师,现在alphafold3出了,蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了?

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
夜航星 发表于 2025-8-18 09:01
老师,现在alphafold3出了,蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了?

J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 6446−6469
看看这篇蛋白质-蛋白质对接综述

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
夜航星 发表于 2025-8-18 09:01
老师,现在alphafold3出了,蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了?

也要考虑用途,AF3无论在线还是本地版都限制非商业用途,以及不可用AF3结果作training data。

在线版的条款还加上不可把结果用在Automated system 如autodock。

在线版条款
https://alphafoldserver.com/terms

本地版条款
https://github.com/google-deepmi ... HTS_TERMS_OF_USE.md
https://github.com/google-deepmi ... BITED_USE_POLICY.md
https://github.com/google-deepmi ... PUT_TERMS_OF_USE.md
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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