CP2K跑吸附体系的AIMD经常卡住和Pd的赝势求助

zhou9527

本人CP2K小白一枚，目前算的一个吸附体系的AIMD,采用的是PBE-D3；然后希望能够得到带边能级的随着时间演变的相关数据（Band edge level）， 之前一直用VASP, 但是VASP跑AIMD比较吃力。所以才开始用CP2K，资料什么的也主要参考官网手册，所以在参数的设置方面难免会有诸多的问题，希望能得到大佬们的指教。目前的主要面临的问题如下：1、 在输出能级信息（可以理解成VBM CBM,因为我算的是周期性的体系）的时候，跑了几十几百次迭代后，经常卡在如图所示的这个位置，程序可以很轻易的输出占据态的信息（姑且称之HOMO吧），但是对于非占据态的计算（LUMO），就输出不了，然后就会一直卡在这儿，也不会有任何的报错信息。

2、Pb的赝势没有14电子的，不知道有没有大佬能分享下，感激不尽！！！
我用的是并行的cp2k.popt cp2k.psmp , 本来是编译的OMP版本的，具体参考https://blog.csdn.net/zh314js/article/details/76258705；编译过程的问题也很多，然后是在集群上用普通用户从头编译的，具体的话我也没有认真的记录，所以就不发表观点了，不过我用OMP并行的话一直提示“mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causingthe job to be terminated. The first process to do so was” ；所以我就没有用OMP，后面采用的是intelmpi，也可以正常运行。当然目前的程序运行一段时间后程序也会报错，类似就是mpi FATAL ERROR 之类的，感觉就是崩盘了，编译什么的我也是不太懂，所以先不讨论这个编译器的问题了。言归正传，这里给大家分享一下我的Input,如果有不对的地方希望大家能够指正，谢谢！！


&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NVT
    STEPS 10000
    TIMESTEP 1   
    TEMPERATURE 300
    &THERMOSTAT
      REGION MASSIVE
      &NOSE #Uses the Nose-Hoover thermostat
        TIMECON 1000 #timeconstant of the thermostat chain, how often does thermostat adjust your system
    &END NOSE
   &END
  &END MD
  &GEO_OPT
    OPTIMIZER BFGS
    MAX_FORCE 2E-4
    MAX_ITER 500
  &END GEO_OPT
  &PRINT
    &TRAJECTORY
      &EACH
        MD 1
      &END EACH
    &END TRAJECTORY
    &VELOCITIES OFF
    &END VELOCITIES
    &FORCES OFF
    &END FORCES
    &RESTART_HISTORY
      &EACH
        MD 500
      &END EACH                                                                                                                    
    &END RESTART_HISTORY                              
    &RESTART
    BACKUP_COPIES 3               
      &EACH     
        MD 1                  
      &END EACH   
    &END RESTART      
  &END PRINT     
&END MOTION
  #STRESS_TENSOR  ANALYTICAL #CELL_OPT should be opened
&FORCE_EVAL  
  METHOD Quickstep
  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME ${data}/BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME ${data}/GTH_POTENTIALS
    CHARGE 0
    MULTIPLICITY 1
    &MGRID
      CUTOFF 500
      NGRIDS 5
      REL_CUTOFF 50
    &END MGRID
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-6
      METHOD GPW
      EXTRAPOLATION ASPC
    &END QS
    &SCF
      MAX_SCF 30
      #SCF_GUESS RESTART
      SCF_GUESS ATOMIC
      EPS_SCF 1.0E-5
      CHOLESKY INVERSE_DBCSR ##
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 40
        EPS_SCF 1.0E-5
      &END
      &OT
        MINIMIZER DIIS
        PRECONDITIONER  FULL_SINGLE_INVERSE
        STEPSIZE 0.01
      &END OT
      &PRINT
        &RESTART OFF
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
        &VDW_POTENTIAL
          POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
          &PAIR_POTENTIAL
            PARAMETER_FILE_NAME ${data}/dftd3.dat   
            TYPE DFTD3
            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
            R_CUTOFF [angstrom] 16   
          &END PAIR_POTENTIAL
      &END VDW_POTENTIAL
    &END XC
    &PRINT
      &E_DENSITY_CUBE OFF
      &END E_DENSITY_CUBE
      &MO_CUBES
        NLUMO 4
        NHOMO 4
        WRITE_CUBE .FALSE.
        &EACH
          MD 10
        &END EACH
      &END MO_CUBES
    &END PRINT  
  &END DFT

  &SUBSYS
    &CELL
      ABC 17.37820 17.45740 50.00000
      PERIODIC XYZ
    &END CELL

    &TOPOLOGY
      COORD_FILE_FORMAT XYZ
      COORD_FILE_NAME configure.xyz
    &END

   &KIND C
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q4
   &END KIND

   &KIND N
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q5
   &END KIND

   &KIND H
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q1
   &END KIND

   &KIND I      
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q7
   &END KIND

   &KIND Pb
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q4
   &END KIND
  &END SUBSYS
&END





发表于 前天 12:23 | 只看该作者

sobereva

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“CP2K-AIMD”改了，以后务必注意

zhou9527

谢谢老师，感激，下次注意