GROMACS中纤维二糖分子做NVT控温过程体系崩溃求助(已解决)

gsbear · 发表于 Post on 2023-9-14 22:32:19

从GMML的GITHUB页面下载压缩包或者自己git以后编译，只是编译需要用Ubuntu的linux系统

zdworld · 发表于 Post on 2023-9-16 13:53:41

多糖出问题首先把末端糖环4号羟基氢与5号氧原子之间的pair去掉试试。

我是猫猫大王 · 发表于 Post on 2025-3-19 08:56:00

gsbear 发表于 2020-12-15 09:42
估计你可能是没有把GROMOS 56A6_CARBO的力场文件正确解压到GROMACS的力场目录中，或者是在pdb2gmx的时候 ...

您好，按照您的方法我使用pdb2gmx生成多糖top文件的时候出现了报错，错误“Atom 4 in residue GLC 0 was not found in rtp entry GLC with 14 atoms while sorting atoms.” 请问有什么解决办法呢谢谢答复！

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[GROMACS] GROMACS中纤维二糖分子做NVT控温过程体系崩溃求助(已解决)