求助：Material Studio能够模拟自组装问题吗？如果能，哪个模块好些？

wanlichuan

        最近对一个问题产生了很大的兴趣：为什么有些分子量较大(在300左右)的有机分子（只有C、H、N、O、S几种元素）在常温下以油状物存在，而这个分子的某一个片段（分子量不到200，极性官能团如羟基稍有减少）却是熔点很高（大于200摄氏度）的粉晶结构？根据一般理解，对于类似结构的分子，其分子量越大，分子间作用力就越强，熔沸点应该越高，似乎不应该以油状物存在。

        一般问题：是什么因素决定了分子的常温常压存在状态？或者更具体一点，常温常压下，什么因素决定了该有机物以油状物形式存在？又是什么因素决定了该有机物以晶体形式存在？我想用MS基于自组装方法研究一下这一现象。不知道MS能够模拟自组装问题吗？如果能，哪个模块好些呢？分子间的作用力可以只考虑范德华力和氢键，貌似也不应该有更复杂的其他非共价作用了。

        望高手指点，谢谢。

sobereva

这种问题用gromacs好得多得多得多，速度甩forcite几条街，分析功能强得多，灵活度也高得多，还不要钱。
非要用M$就只能用forcite，又贵又慢又封闭

分子间作用是决定特定条件下物质凝聚相状态的最直接因素。分子量越大分子间作用越强，这只是对于色散作用而言的。实际中不能光考虑色散作用。诸如一个普通氢键的存在，作用强度就可以抵得上一大片区域的色散作用。

wanlichuan

谢谢sob老师，看来必须认真学学gromacs了。