关于amber读入碳纳米管的一些疑问

ChaosChiao

各位老师好，
我在读sob老师“http://sobereva.com/39” 关于“Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法”，并跟随学习时遇到了一些问题。
之前在QQ群里问过，由于涉及内容较多，QQ里发的内容比较混乱，没有得到回复。我重新整理了一下，期望能够得到老师们的解惑。
我首先构建了240个碳原子纳米管的pdb文件，并修改了原子编号，如下图：


然后进入tleap
source leaprc.gaff
a = loadpdb tubename.pdb
bondbydistance a
做完这一步，显示结果“Created 301 bonds.”

然后按照教程写了leapdo文件，文件内容如下：
set a.1.1 type c2
set a.1.2 type c2
set a.1.3 type c2
set a.1.4 type c2
set a.1.5 type c2
set a.1.6 type c2
set a.1.7 type c2
set a.1.8 type c2
set a.1.9 type c2
set a.1.10 type c2
set a.1.11 type c2
set a.1.12 type c2
set a.1.13 type c2
set a.1.14 type c2
set a.1.15 type c2

……

然后在tleap中 source leapdo
结果出如下错误：
a.1.1: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.2: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.3: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.4: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.5: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.6: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>
a.1.7: not a container (e.g. residue)
usage:  set <container> <parameter> <object>
   or:  set default <parameter> <value>


错误提示还是说set 写的不对，但我查了手册，我觉得也没啥错误啊。不清楚问题出在哪里了。

sobereva

你用desc a命令看看a这个unit当前是什么情况

ChaosChiao

sobereva 发表于 2019-5-25 03:17
你用desc a命令看看a这个unit当前是什么情况

不好意思sob老师，刚看到您的回复。
desc a显示如下信息：
> desc a
UNIT name: default_name
Head atom: null
Tail atom: null
Contents:
R< 0>

好奇怪，这是什么信息都没读到的意思吗？

sobereva

ChaosChiao 发表于 2019-5-27 09:51
不好意思sob老师，刚看到您的回复。
desc a显示如下信息：
> desc a

是