求助gromacs中使用隐式水模型的问题

刘十三 · 发表于 Post on 2019-5-17 12:01:26

请问各位老师，在gromacs模拟时：
1、要添加隐式水模型，是不是只需要在mdp文件中设置好相应的参数就行？
2、我看到gromacs在top中定义了 [ implicit_genborn_params ]。是不是还要把隐式溶剂的原子类型添加进去？
3、假如需要添加进去，是不是在gro文件中还需要添加隐式溶剂的原子信息以及坐标？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-17 17:18:56

1 是。注意gmx2019版开始已经不支持隐式水模型了
2 否。这是对溶质的原子而言的。只要你的溶质的原子的GB参数有了，就可以在溶剂模型下模拟当前的溶质

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